해양경찰청은 1953년 12월 23일 <해양경찰대>라는 이름으로 부산에서 발대식을 갖고 첫 활동을 시작하였다. 창설 당시 해군으로부터 인수한 181톤급 AMC 소해정 6척이 해양경찰대 장비의 전부였다.

해양경찰은 해군과 마찬가지로 해방 이후 해안경비를 위해 결성된 해방병단(海防兵團)과 조선해양경비대에 그 뿌리를 두고 있다. 정부 수립 이후 조선해양경비대에서 발전한 해군이 사실상의 해양주권선인 '평화선'의 경비 임무를 맡았으나, 해군본연의 군 작전 수행에 전념토록 하기 위해 해양경찰대를 창설하여 해양주권선 경비와 해상치안 임무를 부여 한 것이 오늘날 해양경찰의 시작이다.

내무부 소속으로 출범한 해양경찰대는 해양관련 업무를 일원화한다는 정부 방침에 따라 1955년 신설된 상공부 해무청으로 소속이 변경되면서 해양경비대와 해양경비대사령부 등으로 개칭되었다가, 1961년 「해양경찰대설치법」이 제정되고 원래의 내무부 치안국 소속으로 복귀하면서 다시 해양경찰대의 명칭을 회복하는 우여곡절을 겪었다.

그러나 그 이후 해양경찰대는 경찰조직 체제로 조직체제를 전환하고 경비함정과 인력을 지속적으로 보강하여 경비역량을 강화함으로써, 대한민국의 해양주권을 수호하고 해상치안을 확립하는 주춧돌이 되었다.

초기에는 주로 우리 해역을 침범하여 불법조업을 일삼는 외국어선들을 퇴치하며 우리의 어로해역과 어업종사자들의 안전을 보호하는 데 중점을 두고 임무를 수행하였다. 그러나 점차 북한의 도발을 막고 어선들의 피랍을 예방하는 대간첩작전과, 급증하는 해난사고에 대한 구조 활동, 그리고 각종 해양오염사고에 대응한 방제 및 해양환경보전 활동 등으로 그 역할을 확대해 나갔다.

또 밀수, 밀항 등 각종 해양범죄에 대한 수사기능을 강화하여 해상치안을 확립하는 데도 크게 기여하였고, 경제발전과 함께 해상물동량이 급증함에 따라 통항 선박들의 안전과 항로관리 등으로도 임무를 확대하여 명실상부한 해상관리자로서의 역할을 수행하였다.

1991년 해양경찰대는 내무부에서 독립한 경찰청 소속의 해양경찰청으로 승격되어 새롭게 출범하였다. 이를 계기로 해양경찰청은 보다 성숙한 조직으로 운영체제를 고도화하는 한편, 「수난구호법」의 제정과 함께 국제적 구조체계를 갖춘 ‘국제적인 해양경찰’로 발돋움하였다.

1996년에는 본격적인 해양경쟁시대에 대비하여 해양행정업무를 일원화하는 차원에서 해양수산부가 출범함에 따라 경찰청 소속에서 해양수산부 외청으로 분리되어 독립적인 중앙행정기관으로 승격하였다. 이와 함께 배타적 경제수역이 선포됨에 따라 더욱 광범위한 해역을 관할하게 되었으며, 특히 중국어선들의 불법조업에 대한 단속활동과 해양범죄의 예방 및 단속, 해양환경보전 활동을 대폭 강화하였다.

2005년 7월 해양경찰청장의 직급이 치안총감으로 격상됨에 따라 차관급 조직으로 위상이 높아졌다. 이와 함께 청사를 인천 송도로 이전하고, 2006년에는 동해․서해․남해에 지방해양경찰청을, 2012년에는 제주지방해양경찰청을 설치하여 총 4개의 지방청을 운영하고 있다.

2008년에는 「정부조직법」 개정으로 국토해양부 소속의 외청으로 이관하였다가 2013년 3월 해양수산부의 부활과 함께 해양수산부 소속으로 다시 자리를 잡았다.

창설 당시 작고 노후한 경비정 6척과 658명의 대원으로 출범한 해양경찰청은 창설 60주년을 맞은 2013년 현재 ( )척의 함정과 ( )명의 해양전문인력을 바탕으로 해양주권과 해상치안을 수호하는 '안전한 바다의 지킴이'로 국민과 함께 하고 있다.

국토의 삼면이 바다인 우리나라는 해상경비, 해양사고의 예방 및 해난사고의 구조, 해상범죄의 예방 및 단속, 출․입항 선박 및 여객선의 안전 확보, 해저자원 및 해양환경의 보존 등 해양의 중요성이 날로 강조되고 있다. 또 국제화․개방화에 따라 주변국 해상치안기관과의 국제협력 요청도 증가하고 있기 때문에 해양경찰청의 역할은 앞으로 더욱 더 커질 것으로 기대되고 있다.